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Jun 09, 2023

Nature Communications volume 14, Numéro d'article : 3692 (2023) Citer cet article

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La surveillance en temps réel du virus SARS-CoV-2 aéroporté constitue une lacune technologique qui échappe à la communauté scientifique depuis le début de la pandémie de COVID-19. Les techniques d’échantillonnage d’air hors ligne pour la détection du SRAS-CoV-2 souffrent de délais d’exécution plus longs et nécessitent une main-d’œuvre qualifiée. Nous présentons ici un moniteur de qualité de l’air pathogène (pAQ) de preuve de concept pour la détection directe en temps réel (résolution temporelle de 5 minutes) des aérosols du SRAS-CoV-2. Le système intègre de manière synergique un échantillonneur d’air cyclonique humide à haut débit (~ 1 000 lpm) et un biocapteur à micro-immunoélectrode ultrasensible à base de nanocorps. Le cyclone humide a montré des performances d’échantillonnage de virus comparables, voire meilleures, à celles des échantillonneurs disponibles dans le commerce. Les expériences en laboratoire démontrent une sensibilité de l'appareil de 77 à 83 % et une limite de détection de 7 à 35 copies d'ARN viral/m3 d'air. Notre moniteur pAQ convient à la surveillance ponctuelle des variantes du SRAS-CoV-2 dans les environnements intérieurs et peut être adapté à la détection multiplexée d'autres agents pathogènes respiratoires d'intérêt. L’adoption généralisée d’une telle technologie pourrait aider les responsables de la santé publique à mettre en œuvre des mesures rapides de contrôle des maladies.

La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), qui a débuté en décembre 2019, continue de sévir dans les pays du monde entier, l'Organisation mondiale de la santé signalant plus de 1,7 million de nouveaux cas confirmés dans le monde au cours de la première semaine de janvier 20231. Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) -CoV-2) est à l'origine de cette maladie et se propage par les gouttelettes respiratoires expulsées par les personnes infectées lors de la toux, des éternuements, de la respiration et de la parole. La transmission aérienne est reconnue comme l’une des voies d’infection prédominantes2,3, d’où le taux d’infectiosité rapide et la nature virulente de la maladie. Pour lutter contre cette propagation rapide, les gouvernements du monde entier ont adopté des politiques telles que le port obligatoire du masque dans les espaces publics, la mise en quarantaine des personnes infectées et la distanciation sociale pour contribuer à réduire le risque de transmission aérienne. Cependant, ces mesures de contrôle ont eu un impact négatif sur la vie quotidienne, avec des conséquences telles que des restrictions sur les voyages aériens, une diminution des activités physiques, des restrictions sur les grands rassemblements sociaux et la fermeture d'écoles et de bureaux. Il a fallu près de deux ans à de nombreux pays pour reprendre leurs activités normales. Cependant, la peur de l’infection et la résurgence rapide et périodique de la maladie, par exemple fin décembre 2022 en Chine4, mettent en évidence le manque de préparation, même des plus grands pays, à lutter contre la propagation aérienne d’agents pathogènes. L’absence de protocoles de détection des infections rapides et abordables au niveau communautaire a été un facteur limitant pour les décideurs politiques dans la mise en œuvre rapide de stratégies d’atténuation de la transmission du COVID-19. Un dispositif de surveillance non invasif en temps réel capable de détecter les aérosols du SRAS-CoV-2 directement dans l’air constitue une solution potentielle pour les stratégies de gestion des infections et la reprise des activités normales.

Les techniques d'échantillonnage de l'air hors ligne sont couramment utilisées pour la détection des aérosols viraux, où la collecte et l'analyse des échantillons se font en deux étapes : premièrement, les aérosols viraux sont collectés à l'aide d'échantillonneurs de bioaérosols autonomes, après quoi les échantillons sont transportés vers un laboratoire pour une analyse plus approfondie. Des études récentes ont utilisé des techniques d'échantillonnage de l'air hors ligne telles que l'échantillonnage de particules basées sur la croissance par condensation dans des échantillonneurs liquides (PILS), le PILS basé sur un cyclone à paroi humide et l'échantillonnage par filtre, suivis de la détection de virus par réaction en chaîne par polymérase quantitative à transcription inverse (RT-qPCR). pour détecter la présence de l'ARN du SRAS-CoV-2 dans l'air des hôpitaux5,6,7,8,9, des centres commerciaux10, des transports publics10, des chambres d'habitation11 et même de l'air extérieur12,13. Bien que ces résultats soulignent l'importance d'une méthode de surveillance pour détecter les virus aéroportés afin de contrôler la propagation de l'infection, ces méthodes hors ligne ont des délais d'exécution longs (1 à 24 heures), nécessitent une main d'œuvre qualifiée et ne fournissent pas d'informations en temps réel, ce qui Il est nécessaire de prendre rapidement des mesures de contrôle pour gérer la propagation aérienne du virus.

95% collection efficiency for particles >1 μm and a cutoff diameter (where the collection efficiency is 50%) of 0.4 μm./p>10,000 copies/m3 (“high”). All experiments were performed either in duplicate or triplicate runs. A detailed description of the experimental setup and protocol is provided in Supplementary Method 5./p>200 lpm) had the highest virus recovery and were ideal for virus detection in an environment with low virus concentrations. However, low flowrate samplers (e.g., BioSampler®) provide a more accurate estimate of the virus concentration in the air. A similar finding was also reported by Luhung et al.40, where they investigated the effect of increasing the bioaerosol sampler flow rate (100 lpm to 300 lpm) on the bioaerosol recovery and concluded that high-flow air sampling maximized the time resolution and improved virus capture rate, especially at ultra-low bioaerosol concentrations. However, high-flow sampling is susceptible to inaccurate estimation of bioaerosol concentration per unit air volume. The underestimation of the virus RNA concentration by the wet cyclone in the chamber study could be due to evaporative losses, particle loss to the chamber walls, re-entrainment loss, or particle bounce commonly observed in high-flow wet cyclone sampling41,42./p>10,000 copies/m3 (high; n = 4). The data are presented as mean ± 1 SD of ‘n’ independent experiments (b) typical concentration of SARS-CoV-2 RNA copies measured in indoor air; the vertical dotted lines demarcate the low, medium and high virus concentration test levels; c PCR Ct value (inverted y-axis) of indoor air samples collected using the wet cyclone in apartments with SARS-CoV-2-positive patients (n = 7) and control room (n = 3). The data are presented as mean ± 1 SD of ‘n’ independent samples./p>1 μm ( ~ 100% collection efficiency). The LoD for the virus in the submicron-sized aerosols will vary based on the wet cyclone particle size-dependent recovery fraction (Supplementary Fig. 2). Fig. 3b shows the pAQ monitor performance when sampling laboratory aerosolized inactivated WA-1 and BA-1. pAQ monitor showed a sensitivity of 77% for WA-1 and 83.3% for BA-1. The concentrations of WA-1 aerosol samples measured using RT-qPCR are provided in Supplementary Fig. 7. The virus sensitivity of the pAQ is comparable to the sensitivity of other recently developed rapid biosensors (<10 min detection time) used for detecting viruses in saliva43,44, nasal swabs45, and exhaled breath condensate25 samples./p>